Urenhetskontroll i L-metylfolat-ingrediensen er viktig siden urenheter kan redusere den biologiske aktiviteten, øke toksisiteten og påvirke den kliniske effekten av L-metylfolat. JK12A er en oksidativ urenhet av L-metylfolat. De siste funnene viste at JK12A negativt påvirket veksten av sebrafiskembryoer og endret både hjertefrekvensen og overlevelsesraten på en doseavhengig måte.
Magnafolat er for tiden det strengeste urenhetskontrollråmaterialet i L-metylfolat, kjent som det reneste L-metylfolatet på planeten.